Die Marcomannia wurde am 11. Mai 1889 an der Stuttgarter Baugewerkschule gegründet. Im Jahre 1901 bereits übersiedelte sie an die Technische Hochschule Stuttgart und fusionierte im Wintersemester 1910/11mit dem in Köthen gegründeten wissenschaftlichen Verein Wettina. Die Marcomannia war zu dieser Zeit eine sog. freischlagende Verbindung, die nach einigen Jahre Paukverhältnisse mit den Stuttgarter Landsmannschaften Saxonia und Borussia abschloss.
Erst nach dem 1. Weltkrieg gelang es, in der Bopserwaldstraße ein eigenes Haus zu bauen. Am 17. Oktober 1920 wurde es eingeweiht.
Im gleichen Jahr wurde die Marcomannia in die Deutsche Landsmannschaft (DL) aufgenommen und konnte sich damit Landsmannschaft nennen.
Nach Beginn der Nazi-Herrschaft wurden die Studentenverbindungen aufgelöst; die vier Stuttgarter Landsmannschaften mussten ab 1936 die “Kameradschaft Horst Wessel”; bilden. Das Marcomannenhaus wurde nach nur 17 Jahren verkauft.
Nach Kriegsende trafen sich die Bundesbrüder langsam wieder, aber erst am 3. März 1949 wurde die akademische Verbindung Marcomannia gegründet, am 8. Juni wurde sie vom Rektorat genehmigt und am 23. Juni erteilte die amerikanische Militärregierung ihre Zustimmung.
An Pfingsten 1951 erfolgte die Gründung des Coburger Conventes (CC), dem Dachverband der Landsmannschaften und Turnerschaften, in dem auch die Marcomannia Mitglied wurde.
Für die Zeit, bis die Marcomannia wieder ein eigenes Verbindungshaus besaß, gewährte ihr die Landsmannschaft Borussia großzügig und selbstlos Gastrecht in ihrem Haus. Am 17. November 1962 konnte dann ein neues, eigenes Haus eingeweiht werden.
Aus verschiedenen Gründen musste die Marcomannia im März 1974 vertagt werden, doch gelang es einer sehr aktiven Altherrenschaft und durch glückliche Umstände, die Marcomannia 1984 in Coburg wieder als aktiven Bund zurück zu melden. Leider hielt diese gute Situation nicht auf Dauer an. Am Ende des Wintersemesters 1996/97 musste die Marcomannia erneut suspendiert werden.
Im Jahr 2003 feierte die Landmannschaft Marcomannia mit ihrem 114. Stiftungsfest die Reaktivierung und ihre Mitglieder konnten seitdem wieder eine schlagkräftige Aktivitas aufbauen.